Ngày 10/9/1945, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Võ Nguyên Giáp được uỷ quyền của Chủ tịch Chính phủ lâm thời Việt Nam Dân chủ Cộng hoà ký Sắc lệnh số 27 - SL thành lập Sở thuế quan và thuế gián thu khai sinh ngành hải quan Việt Nam với nhiệm vụ: Thu các quan thuế nhập cảnh và xuất cảnh, thu thuế gián thu. Sau đó, Ngành được giao thêm nhiệm vụ chống buôn lậu thuốc phiện và có quyền định đoạt, hoà giải đối với các vụ vi phạm về thuế quan và thuế gián thu.

Giai đoạn 1945-1954, cả nước bước vào cuộc Kháng chiến chống thực dân Pháp xâm l­ược. Hải quan Việt Nam phối hợp cùng các lực l­ượng thực hiện chủ trương bao vây kinh tế và đấu tranh kinh tế với địch. Nhiệm vụ chính trị của Hải quan Việt Nam thời kỳ này là bám sát và phục vụ kịp thời nhiệm vụ của Cách mạng, tạo nguồn thu cho Ngân sách quốc gia, kiểm soát hàng hoá xuất nhập khẩu, đấu tranh chống buôn lậu giữa vùng tự do và vùng tạm chiếm.

Giai đoạn 1954-1975, Hải quan Việt Nam đ­ược xác định là công cụ bảo đảm thực hiện đúng đắn chế độ Nhà n­ước độc quyền ngoại thương, ngoại hối, thi hành chính sách thuế quan (thu thuế hàng hoá phi mậu dịch) tiếp nhận hàng hoá viện trợ và chống buôn lậu qua biên giới.

Năm 1973, Hiệp định Paris đ­ược ký kết chấm dứt chiến tranh phá hoại của Mỹ ở miền Bắc. Hải quan Việt Nam huấn luyện, chuẩn bị các điều kiện triển khai công tác khi miền Nam đ­ược giải phóng.

Sau khi thống nhất đất n­ước Hải quan triển khai hoạt động trên địa bàn cả n­ước từ tuyến biên giới phía Bắc đến tuyến biên giới phía Tây Nam, các cảng biển, Sân bay quốc tế, B­ưu cục ngoại dịch, Trạm chở hàng. Do yêu cầu quản lý tập trung thống nhất, Chính phủ đã có Quyết định số 80/CT ngày 5/3/1979 quyết định chuyển tổ chức Hải quan địa phương thuộc UBND tỉnh, thành phố về thuộc Cục Hải quan, Bộ Ngoại th­ương.

Ngày 24/2/1990, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng ký lệnh công bố Pháp lệnh Hải quan. Pháp lệnh gồm 51 điều, chia làm 8 chương, có hiệu lực thi hành từ ngày 1/5/1990.Pháp lệnh Hải quan xác định chức năng của Hải quan Việt Nam là Quản lý Nhà n­ước về Hải quan đối với hoạt động xuất nhập khẩu, xuất nhập cảnh, quá cảnh Việt Nam, đấu tranh chống buôn lậu hoặc vận chuyển trái phép hàng hoá, ngoại hối hoặc tiền Việt Nam qua biên giới. Bộ máy tổ chức của Hải quan Việt Nam được xác định rõ, tổ chức theo nguyên tắc tập trung thống nhất, d­ưới sự chỉ đạo trực tiếp của Hội đồng Bộ trưởng.